Công ty Cổ phần Lũng Lô 3 là doanh nghiệp Quân đội chuyển đổi mô hình hoạt động từ Công ty TNHH MTV Lũng Lô 3 trực thuộc Công ty Xây dựng Lũng Lô của Bộ Quốc Phòng sang Công ty cổ phần. Sở Kế hoạch đầu tư Thành phố Hà Nội cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp số: 0104586420 đăng ký lần đầu vào ngày 08 tháng 4 năm 2010 và thay đổi lần thứ 13 ngày 15 tháng 6 năm 2020.
Công ty TNHH MTV Lũng Lô 3 được thành lập trên cơ sở hợp nhất 3 Chi nhánh thành viên của Công ty Xây dựng Lũng Lô nay là Tổng Công ty Xây dựng Lũng Lô - Bộ Quốc Phòng, với lịch sử hình thành và phát triển hơn 20 năm với kinh nghiệm lâu năm trong lĩnh vực thi công xây lắp và rà phá bom mìn, vật nổ được các Chủ đầu tư đánh giá cao, có uy tín và thương hiệu lớn trong và ngoài nước.
Công ty Xây dựng Lũng Lô được thành lập tháng 11 năm 1989 với tên giao dịch ban đầu: Công ty khảo sát thiết kế xây dựng Lũng Lô. Tháng 8 năm 1993, Bộ Quốc phòng có quyết định số 577/QĐ-BQP về việc đổi tên Công ty thành Công ty Xây dựng Lũng Lô.
Ngày 17 tháng 4 năm 1996, Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 466/QĐ-QP về việc thành lập Công ty Xây dựng Lũng Lô trên cơ sở sáp nhập 3 doanh nghiệp: Công ty Xây dựng Lũng Lô, Công ty xây dựng 25-3 và Chi nhánh Khảo sát thiết kế & Tư vấn xây dựng.
Ngày 08 tháng 01 năm 2010, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 45/QĐ-BQP về việc chuyển Công ty Xây dựng Lũng Lô thành Công ty TNHH một thành viên hoạt động theo hình thức công ty mẹ - công ty con.
Ngày 08 tháng 01 năm 2010: Thành lập Công ty TNHH một thành viên Lũng Lô 3 theo Quyết định số 46/QĐ-BQP của Bộ Quốc Phòng trên cơ sở hợp nhất 3 Chi nhánh hạch toán phụ thuộc của Công ty xây dựng Lũng Lô: Chi nhánh Xử lý môi trường và ứng dụng vật liệu nổ, Chi nhánh Xây dựng Công trình Giao thông phía Bắc và Chi nhánh Xây dựng phía Bắc.
Ngày 14 tháng 12 năm 2017 Bộ Quốc phòng có quyết định số 5647/QĐ-BQP về việc phê duyệt giá trị doanh nghiệp Công ty TNHH MTV Lũng Lô 3 thuộc Tổng Công ty Xây dựng Lũng Lô.
Ngày 16 tháng 8 năm 2018 Bộ Quốc phòng có quyết định số 3323/QĐ-BQP về việc sửa đổi quyết định số 5918/QĐ-BQP về việc phê duyệt phương án và chuyển Công ty TNHH MTV Lũng Lô 3 thuộc Tổng Công ty Xây dựng Lũng Lô thành công ty cổ phần.
Ngày 28/02/2019 Đại hội cổ đông lần thứ nhất thành công, Công ty TNHH MTV Lũng Lô 3 chính thức chuyển đổi sang mô hình Công ty cổ phần với tên gọi mới là Công ty cổ phần Lũng Lô 3.